Zabieg mezoterapii wykonywany jest z zachowaniem pełnej aseptyki ( sterylności ) użytych przyborów. Zabieg mezoterapii nie jest szczególnie bolesny. Może być wykonywany z zastosowaniem miejscowego środka znieczulającego. W przypadku skóry bardzo wrażliwej podczas zabiegu może być odczuwalny niewielki ból. Zazwyczaj ból wywołany mikroiniekcją ustępuje natychmiast po zakończeniu zabiegu mezoterapii, lecz w przypadku skóry bardzo wrażliwej niewielki ból skóry poddanej zabiegowi może utrzymywać się do kilku dni. Może wystąpić przemijające zaczerwienienie skóry , lub niewielkie strupki. Jeżeli skóra jest podatna na powstawanie siniaków – może wystąpić zasinienie skóry lub niewielki obrzęk. W przypadku wystąpienia siniaków lub obrzęku zaleca się stosowanie ogólnie dostępnych w aptekach maści z heparyną lub arniką zmniejszających obrzęk i zasinienie. Rzadko może wystąpić uczulenie , nadwrażliwość na składnik preparatu dezynfekcyjnego , preparatu znieczulającego, preparatu wykorzystywanego do mezoterapii. W zależności od konkretnie planowanego zabiegu ( konkretnej substancji) może wystąpić przemijający miejscowy stan zapalny.

W przypadku wystąpienia nieustępującego miejscowego stanu zapalnego – zaczerwienienie, ból – tkliwość, obrzęk lub innych objawów utrzymujących się powyżej 7 dni należy skorzystać z porady lekarza dermatologa . Wszystkie opisane ewentualne dolegliwości o ile wystąpią, zazwyczaj ustępują samoistnie w okresie do 14 dni od zabiegu. W przypadku utrzymujących się dłużej niż 14 dni opisanych lub innych dolegliwości należy skorzystać z porady lekarza dermatologa. Po zabiegu mezoterapii nie należy korzystać z kąpieli słonecznych lub solarium przez minimum 7 dni od zabiegu. Po zabiegu mezoterapii nie należy korzystać z sauny oraz łaźni suchej i parowej przez minimum 24 godziny od zabiegu. Po zabiegu mezoterapii nie należy korzystać przez 14 dni z zabiegów z użyciem lasera, mikrodermabrazji itd.